В первую очередь маркировка наносится на дорогостоящие медикаменты, используемые при лечении сложных и редких заболеваний. В настоящее время в список включены сем нозологий — муковисциоз, гемофилия, болезнь Гоше, злокачественные новообразования кроветворной, лимфоидной и близких к ним тканей, гипофизарный нанизм, рассеянный склероз и операции по трансплантации органов. Государственная дума рассматривает законопроект, который увеличивает список нозологий до тринадцати.